В своих исследованиях М.И. Рожков последовательно разрабатывает идеи экзистенциальной педагогики, основой которой является рефлексивно-деятельностный подход к воспитанию молодого поколения.
В рамках этого подхода им разработаны оригинальные концепции:
- организации воспитательного процесса;
- организации работы классного руководителя;
- личностно-деятельностного подхода к развитию ученического самоуправления;
- социализации личности ребенка в деятельности детских и подростковых организаций, профилактики девиантного поведения и др.
Он внес вклад в разработку методики организации деятельности образовательных учреждений, создал новую технологию социально-педагогического сопровождения.
М.И. Рожков является руководителем известной в стране и за рубежом научной школы. Под его руководством ведутся исследования в Ярославском государственном педагогическом университете, Костромском государственном университете, институте среднего профессионального образования РАО, научно-практическом центре международного союза детских организаций.
Под его руководством защищено 92 кандидатских и 17 докторских диссертаций. Он председатель диссертационного совета по защите докторских диссертаций, член трех диссертационных советов в ЯГПУ, член диссертационного совета по педагогике в Костромском государственном университете, до декабря 2000 года являлся членом диссертационного совета при Институте педагогики социальной работы РАО и ряда других диссертационных советов.
М.И. Рожков ведет непосредственную педагогическую работу с учащимися школ, активно участвует в повышении квалификации педагогических кадров, проводит авторские школы новых педагогических технологий. Он является председателем областной ассоциации социальных педагогов и социальных работников.